Οι γονείς/κηδεμόνες που επιθυμούν να εγγράψουν τα παιδιά τους σε ένα από τα Εκκλησιαστικά Γυμνάσια ή Εκκλησιαστικά Λύκεια, οφείλουν να ενημερώσουν τους διευθυντές των δημοτικών και των γυμνασίων, κατά περίπτωση, ώστε να αποστείλουν αυτοί τους απολυτήριους τίτλους στο εκκλησιαστικό σχολείο της επιλογής τους.
Για την εγγραφή των μαθητών/τριών οι γονείς-κηδεμόνες υποβάλλουν ηλεκτρονικά (με ηλεκτρονικό ταχυδρομείο) στο Εκκλησιαστικό Σχολείο τα εξής:
- Σχετική αίτηση,
- Σύντομο βιογραφικό σημείωμα,
- Συστατική επιστολή του επιχώριου με το Σχολείο Δευτεροβάθμιας Εκκλησιαστικής Εκπαίδευσης ή την περιοχή καταγωγής του/της μαθητή/τριας Μητροπολίτη.
Οι Διευθυντές των Εκκλησιαστικών Σχολείων οφείλουν, αφού ελέγξουν την ορθότητα των δικαιολογητικών, να πρωτοκολλήσουν την αίτηση και να αποστείλουν στους αιτούντες τον αριθμό πρωτοκόλλου της αίτησής τους. Στη συνέχεια οφείλουν να προβούν σε έλεγχο γνησιότητας της κατατεθείσας συστατικής επιστολής.